Основным лечебным природным фактором является лечебная грязь Шаболатского (Будакского) лимана.
Общая площадь грязевых отложений, имеющих эксплуатационное значение, составляет 1256340 кв.м. Место забора грязи составляет около 150000 куб.м. высококачественной лечебной грязи в западной части Акимбетской балки.
Лечебные грязи Шаболатского лимана в соответствии с современной классификацией относятся к слабосульфидным, среднеминерализованным, хлоридно-натриевым иловым грязям. Они характеризуются высокой степенью вязкости,  пластичности, имеют определенную специфичную кристаллическую решетку, которая обеспечивает все эти свойства.

Вторым лечебным фактором санатория является лечебная лиманская вода.
Лиман питают грунтовые воды и морская вода, которые отфильтровываются через песчаную косу. Рапная вода лимана с давних пор используется в лечебных целях. В ней содержится NaCL, CL-cоед. К и Са, соли  йода, брома и др.
Высокое содержание микроэлементов и биологически активных веществ в рапной воде позволяет отнести её  к минеральным водам средней степени минерализации Рапу лимана используют для отпуска ванн, подводного душа-массажа. вихревых ванн, гинекологических орошений.